清代初年，愛民區是一片長滿黃花的大草甸子，俗稱“北大荒”，大荒一詞起源于《山海經》：“東北海之外，大荒之中”。它的原來意思指的是整個東北以及今天俄羅斯的遠東地區。隨著歷史的變遷，大片國土的丟失，蠶食之后的荒原遞進，遼寧、吉林先后摘去大荒之帽，因黑龍江地處大荒之北，遂以此方位豐富這一名稱的內涵，“北大荒”就這樣慢慢產生，并名傳遐邇，成為黑龍江省的代名詞。1896年（光緒二十二年）沙俄攫取了在中國修筑中東鐵路權。1903年在此設牡丹江火車站后，周圍人品漸多，逐步形成城鎮。是年屬綏芬廳管轄。1910年歸寧安府管轄。民國時期（1913年以后）屬寧安縣管轄。九一八事變后，日本侵略軍于1932年5月占領了牡丹江，在這里修公路、筑鐵路，以此為據點瘋狂掠奪東北的資源。1937年日本侵略軍在牡丹江設省建市，牡丹江市淪為典型的殖民地城市。同年12月1日，成立牡丹江市公署，日本侵略軍把牡丹江市劃為東區、南區、北區、中區、掖河區、興隆區、樺林區、謝家區。其中北區的大部分為現在的愛民區。1945年8月，牡丹江市解放，中國共產黨接管城市，從此，人民翻身當家作主。同年10月，牡丹江市政府成立后，全市組建了金鈴、陽明、工場、西安、新安、長安、七星、興隆、鐵嶺、松林、謝家等11個行政區。1947年3月，市政府將金鈴區改為愛民區。1948年10月，北安區撤銷，其區域劃入愛民區。1949年6月，全市共設愛民、七星、東安、西安、工場和北安6個區。1952年1月5個城區撤銷，成立第一區、第二區、第三區政府，北安區原稱不變，全市共設4個區。第一區由原愛民區和七星區組成，轄8個街道行政委員會。1954年9月新設第四區，由原愛民區的一部分與北安區的一部分組成。1956年9月4個城區撤銷，分別設立新華、西安、長安、共和、七星、工場6個街道辦事處，直屬市人民委員會領導。1958年1月城區6個街道辦事處和郊區辦事處撤銷，設立愛民區、東安區、西安區和郊區，實行人民委員會領導體制。1960年8月實行城鄉結合一體化的人民公社，全市改成3個大公社，愛民區改為愛民人民公社。鐵嶺、北安、樺林3個人民公社劃入愛民人民公社。1963年城鄉一體化的人民公社撤銷，恢復區人民委員會，同時恢復郊區，劃入城區的各人民公社區域重新劃回郊區。1968年1月，愛民區人民委員會撤銷，成立愛民區革命委員會。1970年1月，愛民區改稱團結人民公社。1970年10月，團結人民公社改稱愛民區革命委員會。1972年11月，愛民區設立了新華、向陽、黃花3個街道辦事處。1980年8月，恢復各級人民代表大會制度后，愛民區革命委員會改稱為愛民區人民政府。下轄新華、向陽、黃花、鐵北、北山、興平等6個街道辦事處。1997年7月9日，郊區撤銷，原郊區的北安鄉、三道關鄉和北安街道辦事處、沿江鄉的放牛村以及陽明區的大慶街道辦事處劃歸愛民區。至此，愛民區下轄北安鄉、三道關鄉和大慶、北山、新華、鐵北、向陽、黃花、興平、北安等8個街道辦事處，19個行政村，82個居民委員會。1998年2月，愛民區對街道辦事處的管轄范圍做了調整,北安街道辦事處因其地處城鄉結合部，下轄八達等16個北安鄉境內的基民委員會，將北安街道辦事處職能劃歸興平街道辦事處，編制劃歸北安鄉政府。2001年2月，愛民區撤銷三道關鄉，將其行政區域并入北安鄉。9月，愛民區又對19個行政村進行調整，原三道關鄉的7個行政村合并為1個。豐收村與新豐村合并，經過調整，由原19個村變為12個行政村。2002年1月，愛民區調整了社區規模。由原來的82個居民委員會調整為28個，并將居民委員會改稱為社區居委會（簡稱社區委）。目前，愛民區總人口27.5萬人，下轄1個鎮12個村，7個街道辦事處28個社區委。